Durante o fim da Idade Média a Educação foi controlada pela Igreja e tinha a finalidade de educar o indivíduo segundo os ensinamentos das sagradas escrituras, interpretadas pelas autoridades eclesiásticas.

Na Idade Moderna a religião não deixa de ter influência na Educação. Contudo, com o surgimento de um movimento protestante aos católicos, o controle educacional exercido pela Igreja de Roma também começa a ser contestado.

Os Estados que estavam sob orientação dos protestantes começaram a organizar sistemas próprios de escolas transferindo para o seu controle as escolas paroquiais.

Portanto, destacou-se no movimento protestante Martinho Lutero (1483-1546) segundo o qual a Educação deveria se libertar das amarras que a prendiam à igreja e subordinar-se ao Estado. Perante este movimento, a igreja católica reagiu criando novas ordens religiosas que dessem especial atenção ao ensino, tendo-se destacado a Companhia de Jesus. Esta criou um Sistema de Educação mais eficiente abrangendo a Educação Secundária e Superior.

Com o tempo, as grandes transformações que ocorreram na passagem da Idade Média para a Moderna, tais como as grandes navegações, o surgimento dos Estados Nacionais, a reforma protestante, imprensa, o desenvolvimento da burguesia e do capitalismo, fortaleceram o movimento no sentido de que a autoridade da igreja ficasse restrita aos assuntos religiosos.

O Pensamento Pedagógico desta época foi influenciado pelas ideias de Francis Bacon (1561-1626), Galileu Galileu (1564-1642), René Descartes, João Amós Coménius (1592-1670), Jean Jaques Russeau (1712-1778), entre outros.

Embora tenha havido alterações substanciais na abordagem pedagógica, a Educação elementar do povo permaneceu esquecida durante este período pois a Educação era dirigida para a nobreza e o clero.