A pesca excessiva ou sobre pesca verifica-se na zona costeira na maioria das baías moçambicanas. Os dados de captura, são contudo não confiáveis a ponto de ser difícil determinar qual é a captura máxima sustentável ou qual é o actual esforço de pesca.

Métodos de pesca destrutiva como arrastão e uso de redes de malha fina são grandes problemas para os ecossistemas costeiros.

Contaminação local de mariscos e pescarias por esgotos é também um problema ligado aos assentamentos humanos tais cidades, vilas e localidades.

Os problemas acima são causados por: 

• Pobreza rural, obrigando as populações marginais a se dedicar à pesca como último recurso;
• Fraco sistema de licenciamento e permissão, o que facilita o acesso à pesca ao longo de toda costa moçambicana;
• Fraca implementação da legislação existente;
• Falta de dados confiáveis de captura;
• Métodos de pesca não apropriados concentrados junto à zona costeira;
• Insuficiente serviço de extensão para assistir os pescadores no uso de métodos de pesca mais sustentáveis;
• Falta de capital para investimento em recursos relativamente inexplorados como o caso de grandes peixes pelágicos.

 Poluição Marinha e Costeira 

A poluição marinha em Moçambique é neste momento um problema localizado, primeiramente afectando as áreas costeiras urbanas e rotas de navegação internacional.

Fontes de Poluição Baseadas no Mar 

Os principais impactos de poluições baseadas no mar são:

• A descarga de tanques que acabam nas águas costeiras e praias moçambicanas. Entretanto, não há plano de contingência nos portos para lidar com acidentes de derramamentos. • Sondagem exploratória que algumas vezes provoca poluição localizada.
• O crescente esforço de exploração de petróleo e gás natural na área costeira de Moçambique poderá vir a incrementar a ocorrência de derramamentos acidentais.