A Igreja respondia prontamente a estas heresias, procurando sempre combate-las com os meios disponíveis, seja através da publicação de textos oficiais, como os de Tertuliano e os de Ireneu, quanto por intermédio de Concílios, como o de Niceia, constituído pelo Imperador Constantino para tentar resolver controvérsias sobre a natureza de Jesus-humana ou divina, homem ou Deus. Assim, os dogmas começaram a ser instituídos, a partir do ano de 325, sempre renovados e somados a outros por novos Concílios.

A primeira pessoa a ser condenada e vertentes heréticas mais consideradas como herege foi o sacerdote espanhol Prisciliano de Avila, em 385. Uma das vertentes heréticas mais consideradas como crime religioso era a que negava a divindade completa de Jesus. Esta discussão sobre a real natureza do Messias foi a que provocou maiores discórdias ao longo da Historia, e até hoje esta questão é debatida ardorosamente por teólogos e especialistas religiosos de diversas religiões cristas.

Divino ou Humano, a mistura de ambos, a predominância de um ou de outro, são os pontos que suscitam duvidas, lado a lado com o dogma da Trindade um único Deus em três pessoas, o Pai, o Filho e o Espírito Santo. Ou seja, trata-se de uma intrincada tese teológica que condenou muitos que tentaram contestá-la, principalmente quando eles colocavam em perigo a unidade do Catolicismo.

Quando alguém afrontava a Igreja, era excomungado. Se permanecesse nesta condição por mais de um ano, era então concebido como herege, processado por esse crime e normalmente entregue a justiça dos homens. Todos esses procedimentos ficaram registados ao longo do tempo em documentos eclesiásticos, principalmente depois da criação do Tribunal do Santo Oficio, instituído pelo Concilio de Verona, sob o papado de Gregório IX, no contexto da Contra-Reforma religiosa, com o povo contestando os dogmas católicos.

A princípio, ele foi criado apenas com o objectivo de garantir a aplicação das leis, não para executar pessoas. Mas, quanto mais a Igreja se sentia ameaçada, maiores eram os poderes conferidos a esta instituição, que perseguiu, condenou e eliminou aqueles que eram considerados hereges.